Az EKIK önálló szervezeti egységként különböző területeken folytat és szolgáltat tudományos kutatófejlesztő-innovációs tevékenységet, valamint oktatási feladatokat lát el.
Vezetője az EKIK főigazgató.
Az EKIK a feladatait az alábbi egységekre tagozódva látja el:
a) az EKIK Hivatal,
b) a Kiberorvosi Kompetencia Központ,
c) és a kutatóközpontok
